Sein Vater, der Josef Alonso Píriz hieß, stammte aus Zamora und war Lehrer im Staatsdienst. Er war tiefkatholisch und unterstützte treu die politischen Ideale der Nationalen Bewegung. Seine Mutter, eine eifrige Katholikin, die Juliana Corral García hieß und am 8. Mai 2011 von ihrem Sohn, dem heiligen Papst Peter II., kanonisiert wurde, stammte aus einem Dorf namens Alhocén in Guadalajara, wenn auch ihre Eltern aus El Vellón, Madrid, stammten und dort lebten. Seine Eltern lernten sich kennen und heirateten, als sein Vater am letztgenannten Ort als Lehrer tätig war, bis er dann nach Cabeza del Buey versetzt wurde. Sie hatten sieben Kinder, fünf Söhne und zwei Töchter, und Manuel war der vierte von ihnen.
In seiner Kinderzeit erlebte er an seinem Geburtsort den glorreichen Spanischen Bürgerkrieg in der roten Zone, und zwar bis kurz vor seiner Beendigung. Dort, in Cabeza del Buey, musste er das Unglück und die Mühsale aufgrund der kriegerischen Situation in Spanien durchstehen. Sein Vater, der als katholischer Lehrer und sehr treuer Anhänger des heiligen Franziskus Franco bekannt war, wurde seitens der Kommunisten aus dem Dorf verfolgt, doch deshalb schwand seine Beharrlichkeit nicht, und obwohl sein Leben Gefahr lief, lehnte er stets mit unsagbarem Heldenmut jedes günstige Angebot ab, das zu einem Verrat an seinen heiligen religiösen und politischen Idealen geführt hätte. Die Familie musste Bombardierungen durchstehen, Zufluchtsorte suchen und aufs Land fliehen, bis sein Vater mutig die unvergessliche Heldentat vollbrachte, zwischen zwei Kampflinien mit seiner Frau und drei kleinen Kindern von der roten Zone zur nationalen zu ziehen, bis sie nach Zamora gelangten, wo er Angehörige hatte.
Sobald im Jahre 1939 der Krieg zu Ende war, zog seine Familie, als er fünf Jahre alt war, von Zamora nach El Vellón, Madrid. Dort wohnten die Schwestern seiner Mutter und sein älterer Bruder Jesus, der bei ihnen lebte. Kurz darauf kehrten sie nach Cabeza del Buey zurück, bis sein Vater von neuem als Lehrer für El Vellón bestimmt wurde, wo Manuel seine Erstkommunion empfing. Von dort aus zog er im Jahre 1944 mit etwa neun Jahren nach Madrid, wo sein Vater seinen Beruf endgültig ausübte.
Madrid war die Stadt, in der er aufwuchs und die er so sehr liebte, dass er sich von ganzem Herzen für einen Madrider hielt, ja so sehr oder noch mehr als ein gebürtiger Madrider. Er war nämlich von den wunderschönen und typischen Gebräuchen in dieser Stadt, von ihren religiösen Traditionen und von all ihrer kulturellen, historischen und politischen Entwicklung tief durchdrungen.
Die Grundschule besuchte er in Madrid im Institut Vázquez de Mella. Mit elf Jahren machte er die Aufnahmeprüfung, um im Sankt-Isidro-Institut das Gymnasium zu besuchen. Dort absolvierte er das damalige höhere Gymnasium, das sieben Jahre dauerte. Die Abschlussprüfung, durch die er Anrecht auf den Titel hatte, machte er im alten Gebäude der Universität, wo er am 12. Juli 1954 das Abiturzeugnis erhielt. Im Oktober des gleichen Jahres begann er sein Jurastudium. Er studierte privat und legte dann seine Prüfungen ab, da er einer Krankheit zufolge nicht immer am Unterricht teilnehmen konnte.
Es ist bemerkenswert, dass sich seine frommen Eltern bemühten, ihm und allen seinen Geschwistern eine solide religiöse Erziehung zu geben, denn sie praktizierten die Religion äußerst gewissenhaft und hielten sich in allem an die Heilige Mutter Kirche. Er hörte von ihnen nie ein Wort, wodurch ein Priester geringgeschätzt oder beleidigt worden wäre. Sogar als die Kinder schon im Jugendalter waren, sorgten die Eltern mit bewundernswertem Eifer dafür, dass sie zur Messe, zur Beichte und zur Kommunion gingen, zumindest an jedem Sonn- und Feiertag und ersten Freitag des Monats.
Gott sei Dank führte er in seiner Kinder- und Jugendzeit, obwohl er natürlich so manchen Tiefpunkt hatte, ein frommes Leben und widmete sich dem Apostolat beim Religionsunterricht in der Pfarrei und dem Apostolat mit den Legionären der Katholischen Aktion, indem er tatkräftig mit seinen beiden älteren Brüdern Josef und Jesus, die verantwortungsvolle Aufgaben hatten, zusammenarbeitete. Sein Bruder, der heilige Josef Alonso Corral, wurde schließlich Präsident der Jugendlichen. In Madrid verbrachte er seine Jugendzeit mit Frohsinn, da er trotz der vielen familiären Leiden, die aufgrund der schweren Krankheiten hervorgerufen wurden, voller Illusionen lebte. Dazu gehörten sein Studium, die Literatur und die Kunst. Sein Vater brachte sie häufig zu Konzerten, klassischen Theatervorstellungen, ins Prado-Museum und an viele andere kulturelle Stätten. Seine größte Illusion zentrierte sich jedoch darauf, eines Tages das Ordensleben zu führen. Wie viel litt er doch aus diesem Grund! Denn sein Wunsch, in ein Kloster einzutreten, scheiterte stets wegen seiner sehr heiklen Gesundheit. Deshalb lebte er viele Jahre lang mit gebrochenem Herzen. Doch in seinem Inneren hegte er stets eine Hoffnung, die dann in El Palmar de Troya, Sevilla, Spanien, in Erfüllung ging. Das achtzehnte Lebensjahr war für ihn entscheidend, da er die Bedeutung des Seelenlebens besser erkannte und sich ganz den religiösen Übungen widmete, wodurch er allmählich eine tiefgehende Liebe für die Reinheit erlangte. In der San-Pedro-el-Real-Kirche, die volkstümlich als Paloma-Kirche bekannt ist, lernte er eine ältere Frau namens Maria Valiente López kennen. Von ihr lernte er Großartiges bezüglich des Seelenlebens, vor allem die Zuneigung zu Unserer Mutter von der Immerwährenden Hilfe, wodurch ihm dann so viele Gunsterweise zukamen. Als er bereits Papst war, kanonisierte er sie am 21. Juni 2009.
Mit achtzehn Jahren nahm er mit den Redemptoristenvätern Kontakt auf und er begeisterte sich für den ländlichen Missionsgeist dieses geistlichen Ordens und die tiefe Verehrung, die er der Heiligsten Jungfrau Maria unter dem Titel Unsere Mutter von der Immerwährenden Hilfe entgegenbrachte. Er wurde durch die Frömmigkeit dieser Frailes so sehr angezogen, dass er einen von ihnen zu seinem Seelenführer erwählte. Seine Zuneigung zur Heiligsten Jungfrau Maria verwandelte sich schließlich fast in Vernarrtheit, denn er kam in keinem Augenblick umhin, an Sie zu denken. Er wollte sich Ihren Schutz sichern. Deshalb legte er mit achtzehn Jahren, nämlich am 25. Juli, dem Fest des Apostels Jakobus, vor dem Bild Unserer Mutter von der Immerwährenden Hilfe das feierliche Gelübde der Hingabe an Maria ab, ein Gelübde, das er von da an bis zu seinem Tod jährlich erneuerte. Er fühlte sich von der Heiligsten Jungfrau außerordentlich beschützt und setzte sein ganzes Vertrauen auf Sie. Die Marienverehrung beschränkte sich jedoch nicht nur auf eine vorübergehende Inbrunst, denn sie bewirkte in ihm eine große Liebe zur Eucharistie und er trachtete danach, täglich der Messe beizuwohnen und zu kommunizieren und außerdem den heiligen Rosenkranz zu beten. Damals war er schwer lungenkrank und es gab wenig Hoffnung auf eine baldige Genesung, denn wenn er eine dem gemeinschaftlichen Leben übliche Anstrengung machte, bekam er von neuem einen Rückfall und musste das Bett hüten. Jedes Jahr nahm er mit großem Eifer an der Novene teil, welche die Redemtoristen zu Unserer Mutter von der Immerwährenden Hilfe hielten. Da er durch seine Krankheit viel litt, bat er die Heiligste Jungfrau oftmals um die Heilung. Am Ende des Jahres 1955 hatte er das sichere Gefühl, dass ihn Unsere Mutter von der Immerwährenden Hilfe bei der nächsten Novene völlig heilen würde, eine Hoffnung, die in ihm jedes Mal stärker wurde, wenn er das Bild Unserer Mutter von der Immerwährenden Hilfe anschaute. Am 7. Februar 1956 starb sein heiliger Bruder Josef, was für ihn und die ganze Familie ein großer Schmerz war. Im nächsten Mai nahm er wie gewohnt an der Novene zur Jungfrau Maria teil und seitdem war er nie mehr lungenkrank. Die Ärzte, die ihn danach untersuchten, wunderten sich über seine vollständige Heilung.
Einige Monate nach dem Tod seines Bruders, also im Jahre 1956, als er einundzwanzig Jahre alt war und sich gesund fühlte, begann er bei der Gesellschaft für Kernenergie zu arbeiten, und zwar dank eines Cousins, der dort einen Posten als Mineningenieur innehatte. Er freute sich sehr darüber, dass er sich seinen Lebensunterhalt verdienen und gleichzeitig sein Jurastudium fortsetzen konnte, für das er einzigartige Vorliebe empfand. Es kostete ihn große Anstrengung und fast ein heldenhaftes Opfer, bei seinem Studium voranzukommen, denn aufgrund seiner Arbeit musste er täglich sehr früh aufstehen, um der Messe beiwohnen und die Kommunion empfangen zu können, da die Arbeitszeit um acht Uhr morgens begann und um sechs Uhr abends endete und es nur eine kurze Mittagspause gab. Nach Dienstschluss blieb er in seinem Büro, um bis spät in die Nacht zu studieren, und danach kehrte er nach Hause zurück. Er litt viel wegen Schlafmangel, denn er hatte kaum Zeit zum Schlafen und außerdem hatte er Schwierigkeiten beim Einschlafen.
Seine Sorge, täglich die heilige Kommunion zu empfangen, veranlasste ihn sehr oft, große Opfer zu bringen, und nicht wenige Male wurde die Vermittlung Gottes offenbar, damit ihm die übernatürliche Nahrung nicht fehlte. Sehr häufig eilte er durch die Straßen von Madrid, indem er eine Kirche suchte, wo er kommunizieren konnte. Wenn er abends auf der Universität war, nutzte er die Pausen von einer Vorlesung zur anderen aus. Nur selten musste er ohne die heilige Kommunion auskommen, denn er bemühte sich täglich leidenschaftlich darum.
Das Jurastudium beendete er im Juni 1963. Für ihn war es eine große Freude, da es ihn viele Entbehrungen gekostet hatte, denn während andere nach der Arbeit im Büro weggingen und sich amüsierten oder wenigstens ausruhten, zog er sich zurück, um stundenlang zu studieren. Im Jahre 1964 gewährte ihm die Gesellschaft für Kernenergie ein Stipendium, um Betriebswirtschaft zu studieren. Das neue Studium brachte für ihn auch große Opfer mit sich, denn nach Dienstschluss bei der Gesellschaft musste er von sieben Uhr abends bis zehn Uhr nachts auf die Universität zu den Vorlesungen gehen und danach zu Hause weiterstudieren. Wenn er auch schon früher wenig schlief, jetzt noch weniger. Aber dieses Studium brachte ihm mehr Vorteile, um seine religiösen Pflichten erfüllen zu können, da es im Jesuitenkolleg, in dem er dieses Studium absolvierte, natürlich eine Kapelle gab, wo es für ihn leicht war, der Messe beizuwohnen und zu kommunizieren. Das Betriebswirtschaftsstudium dauerte drei Jahre und Gott sei Dank erlangte er in jedem Schuljahr sehr gute Noten, vor allem im letzten, obwohl er einen Monat wegen Hepatitis krank im Bett zubrachte und einen weiteren Monat zur Genesung benötigte. Im Juni des Jahres 1967 beendete er das Studium mit dem entsprechenden Akademikertitel.
Er wechselte seine Arbeit und sein Studium mit dem Apostolat bei der Katholischen Aktion ab. Sonntags besuchte er gewöhnlich auch die Krankenhäuser, wo er die Kranken belehrte und tröstete. Bis zum achtundzwanzigsten Lebensjahr führte er ein sehr intensives Apostolat aus, denn er verwendete dafür seine ganze Freizeit. Bei einem Anlass nahm er an den internen Exerzitien des heiligen Ignatius bei den Jesuiten teil, wobei man ihm versicherte, dass er keineswegs für das Ordensleben geeignet sei. Doch diese Exerzitien waren für ihn von großem Nutzen und er machte reichliche Erfahrungen. Er nahm auch an Kurzlehrgängen für Christen teil, wodurch sein Seelenleben gestärkt wurde, das bereits an Intensität verlor. Ab dem achtundzwanzigsten Lebensjahr, in dem er mehr Kontakt mit der Welt hatte, wurde er von den menschlichen Gelüsten, die bis dahin in ihm fast schlummerten, mitgerissen, was einen ständigen Kampf mit sich brachte, nämlich Fallen und Aufstehen. Obwohl er oft zu Fall kam, glitt er nie ganz ab, denn er beichtete und kommunizierte häufig. Es waren also Jahre großer innerlicher Leiden mit unbeschreiblicher Trostlosigkeit, die fast zur Verzweiflung führte. Doch inmitten dieses unheilvollen Gewirrs wurde ihm durch einen Traum zu erkennen gegeben, dass die Heiligste Jungfrau Maria ihm helfen würde, Satan zu besiegen, und sein Seelenleben von neuem erstarken würde, was dann in El Palmar de Troya in Erfüllung ging. Im Traum sah er, dass ein großer Schatten ihn in einen schrecklichen Abgrund stürzte und dass ihn jemand in seine Hände nahm und davor rettete in den Abgrund zu stürzen.
Er war stets ein großer Literatur- und Kunstliebhaber. Wie schon erwähnt, flößte der Vater sowohl ihm als auch seinen Geschwistern schon im Kindesalter die Liebe für gute Bücher, die Malerei und andere kulturelle Kundgebungen ein, die nicht gegen das Gesetz Gottes gerichtet waren. Dazu hatte die Mutter aufgrund ihrer vielen Arbeiten im Haus nicht so viel Zeit, obwohl sie auch die Interessen ihres Mannes teilte. Er begeisterte sich für alle literarischen Werke, ganz besonders für die Poesie. Von Jugend auf las er Werke der spanischen Klassiker, nämlich Werke der heiligen Theresia von Jesus, des heiligen Johannes vom Kreuz, Cervantes, Lope de Vega, Tirso de Molina, des heiligen Peter Calderón de la Barca und anderer… Ebenso interessierte er sich für die Meister der Romantik, zeitgenössische Meister und dergleichen… Er verfasste zahlreiche Gedichte und bei einem Dichter-Wettbewerb erlangte er den ersten Preis, doch als er Religioso wurde, verbrannte er alle seine Schriften.
Gegen Ende des Jahres 1966, als er noch sein Betriebswirtschaftsstudium absolvierte, lernte er durch einen Freund in Madrid den Oberen der Brüder vom heiligen Johannes von Gott kennen, der in Sevilla in dem zum Sanatorium von Unserem Allmächtigen Vater Jesus gehörenden Kloster lebte. Ohne dass ihm Manuel etwas vorbrachte, bot ihm dieser Obere eine Stelle bei der für die Unternehmungen dieser Institution zuständigen Versicherungsgesellschaft an, damit er sie hinsichtlich der Verwaltung und der Finanzen organisiere. Manuel gab ihm seine Zusage, sagte ihm aber, dass er zuerst sein zweites Studium abschließen müsse. Er war sehr daran interessiert nach Sevilla zu ziehen, denn diese Stadt hatte er vor kurzem zweimal besucht und er war wegen ihrer außerordentlichen Schönheit fasziniert. Als er sein Studium beendet hatte, beantragte er bei der Gesellschaft für Kernenergie die Beurlaubung, die ihm für ein Jahr gewährt wurde.
Am 15. Januar 1968 kam er mit seinem Auto in Begleitung seiner Mutter und eines Bruders nach Sevilla. Der Obere der Brüder vom heiligen Johannes von Gott empfing ihn sehr liebevoll und mit großem Respekt. Er begann seine Arbeit, indem er das ganze Geld kontrollierte, das man auf den Banken und Sparkassen in Spanien einzahlte, um die große Kampagne zu unterstützen, die dieser Obere in die Wege geleitet hatte, um die dem heiligen Johannes von Gott gewidmeten Bauwerke in der Provinz Sevilla zu finanzieren. Danach kontrollierte und organisierte er die nach dem heiligen Raphael und dem heiligen Johannes von Gott benannte Versicherungsgesellschaft, die sich in einem wahren Chaos befand, und durch viel Arbeit und Vernunft gelang es ihm, sie wieder ins rechte Gleis zu bringen. Er war sehr glücklich an diesem Werk mitwirken zu können. Bei allen, sowohl bei den Religiosos als auch bei den Kindern und Angestellten, war er sehr beliebt. Er arbeitete mit großer Begeisterung, ganz besonders, weil es sich um ein katholisches und soziales Werk handelte. Niemals schaute er auf die Opfer und er erfreute sich des Vertrauens dieses Oberen und der anderen Religiosos.
Durch seine Ankunft in Sevilla, dieser wunderschönen Großstadt, wurde er kurz darauf mit einem der bedeutendsten Ereignisse der Geschichte in Verbindung gebracht: die Erscheinungen der Heiligsten Jungfrau Maria in El Palmar de Troya und seine Beziehung zum Hauptseher, Clemente Domínguez y Gómez.
Am 30. März 1968 erschien die Heiligste Jungfrau vom Karmel zum ersten Mal über einem Mastixstrauch (Lentisco) auf dem Landgut „La Alcaparrosa“ vier Mädchen aus dem Dorf: Raphaela, Anna, Josefa und Anna. Von diesen sogenannten Mastixsträuchern gab es auf dem Landgut viele. Vom Mastixstrauch, über dem die erste Erscheinung erfolgte, blieb nichts übrig, denn die Gläubigen schnitten seine Zweige als kostbare Reliquien ab. Genau an jener Stelle stellte man ein kleines Holzkreuz auf und ringsherum wurde gebetet und die Seher empfingen die himmlischen Besuche. Später, als Clemente bereits ein Seher war, wurden an dieser Stelle, wo der Mastixstrauch gestanden war, das Heilige Antlitz Jesu und die Statue Unserer Mutter von Palmar aufgestellt. So wahrte man die Stelle, welche die Heiligste Jungfrau bei Ihrer ersten Erscheinung erwählt hatte. Nach den ersten vier Mädchen traten weitere Seher auf: Rosario Arenillas, aus El Palmar de Troya, am 14. April 1968; Maria Marín, aus Utrera, am 20. Mai 1968; und Maria Luisa Vila, aus Sevilla, am 6. Juni 1968. Noch im gleichen Jahr: Antonius Romero, Josef Navarro (Cayetano), Manuel Fernández, Antonius Anillos und andere, die alle in El Palmar de Troya wohnten. Später wurde auch Arsenia Llanos aus Jerez de la Frontera zur Seherin erwählt. Leider begingen dann alle diese Seher Verrat am Palmarwerk und verließen aus verschiedenen Gründen diesen heiligen Erscheinungsort.
Er lernte Clemente am 18. Mai 1968 in Sevilla kennen. Es war genau der von der Vorsehung bestimmte Zeitpunkt, um die Etappen, die er dann als Seher durchlebte, kennen, verfolgen und miterleben zu können. Nachdem er Clemente kennengelernt hatte, wurde ihre Freundschaft jeden Tag inniger und aufrichtiger. Er war am 23. April 1946 in dieser Stadt Sevilla in einem Haus in der Nähe der jetzt abtrünnigen römischen Kathedrale geboren worden. Er arbeitete in einem Büro als Buchhalter und seine Lebensweise war einfach. Nachdem sie in den ersten Tagen ihrer Freundschaft ein Gespräch geführt hatten, erzählte Clemente, dass er innerhalb einer Woche zwei Träume gehabt habe: Es war ihm die Heiligste Jungfrau erschienen und hatte ihm den Dominikanerhabit angelegt. Clemente erzählte ihm all dies sehr offenherzig und Manuel hielt es nicht für belangvoll. Aber er war sich der Bedeutung dieser Träume sicher und beteuerte rundheraus: „Ich werde einmal Dominikaner sein.“
Manuel hatte den Erscheinungsort bereits aufgesucht, als er Clemente kennenlernte, doch er besuchte ihn bloß aus Neugier, obwohl er gewissen Respekt und Interesse hatte. Er sprach mit Clemente über Palmar, das auch er bereits aufgesucht hatte, und sie fuhren dann mit Manuels Auto zum Erscheinungsort. Bei den verschiedenen Besuchen, die sie während des Jahres 1968 machten, war ihre Haltung von respektvoller Neugier gekennzeichnet, denn im Grunde genommen dachten sie, dass es dort etwas Übernatürliches geben könnte.
Am 15. Oktober 1968 erfuhren sie, dass die Heiligste Jungfrau über Maria Marín kundgetan hatte, dass an diesem Tag viele Leute nach Palmar kommen sollten. Clemente und er fuhren nach Palmar, als schon die Nacht hereingebrochen war. Als sie ankamen, war alles vorbei, denn es war fast elf Uhr nachts. Dennoch erwartete sie zu dieser Zeit etwas Widerliches. Als sie beim Zugang zum Landgut ankamen, sahen sie, dass sich am Lentisco noch eine Gruppe von Personen aufhielt. Diese Leute drehten sich, so als ob sie rings um eine Frau tanzen würden, wobei sie gelegentlich sarkastisch auflachten und zugleich unter Gelächter und teuflischem Applaus die Ave-Maria wie beim Rosenkranz sangen. Die erschütternde Szene war aus dieser Entfernung zu sehen, weil dort oben lange Kerzen brannten. Sie wagten es nicht, zum Lentisco hinaufzugehen, beteten einige Ave-Maria und kehrten nach Sevilla zurück. Einige Zeit später teilte man ihnen mit, dass eine geistesgestörte Frau, die niemand kannte, unter den Anwesenden diese Verwirrung verursacht hatte, da sie sagte, sie sei die Verkörperung Unserer Lieben Frau auf dem Pfeiler. Von diesem Tag an besuchten Clemente und er Palmar sehr selten.
Aber als im Jahre 1969 der Sommer begonnen hatte, empfanden sie von neuem gewisses Interesse für diese übernatürlichen Phänomene, und zwar dank eines Artikels in der Zeitung ABC, der von einem Jesuitenvater zur Verteidigung von Palmar publiziert wurde. Aber ein entscheidendes Datum ist der 15. August 1969, das Fest Mariä Himmelfahrt. Am Vormittag fuhren Clemente und er in Richtung Cádiz, um den Tag am Strand zu verbringen. Aber auf ihrer Fahrt beschlossen sie, kurz El Palmar de Troya aufzusuchen. Dort befand sich eine Gruppe von Personen, die auf einen Jesuitenvater warteten, der vielleicht abends die Messe zelebrieren würde. Kurz darauf kam dieser Priester an, sie sprachen mit ihm und beschlossen, den ganzen Tag dort zu bleiben.
Am Nachmittag trafen weitere Pilger ein. Der Jesuitenvater zelebrierte die heilige Messe auf einem Altar, der bei der Mauer außerhalb des Erscheinungsgeländes stand.
Während der Messe hatte Maria Luisa Vila eine Vision von der Heiligsten Jungfrau. Es war das erste Mal, dass sie bei einer Ekstase zugegen waren, obwohl sie sich nicht in der Nähe der Seherin befanden. Sie kommunizierten sehr andächtig und kamen zu der Überzeugung, dass die Erscheinungen in Palmar echt waren. Danach gingen sie zum Lentisco hinauf, wo Maria Marín in einer wunderbaren Ekstase den Herrn sah. Plötzlich hörten sie eine laute Stimme, nämlich die von Bruder Nektarius Maria, der mit Sicherheit sagte: „Christus ist hier zugegen!“ Ihr ganzes Wesen erschauderte. Zum ersten Mal hörten sie, dass der Herr in Palmar erschien. Sie waren auch bei einer Vision der Rosario Arenillas anwesend und gewahrten einen starken himmlischen Duft. Seitdem suchten sie Palmar fast täglich auf. Sie lernten die Seher besser kennen und erhielten Beweise für ihre Echtheit.
Ein sehr bezeichnendes Detail waren die Aufmerksamkeiten, die der Herr und die Heiligste Jungfrau über die verschiedenen Seher von Palmar dem Clemente häufig bekundeten, indem Sie ihn besonders auszeichneten und ihm eine spezielle Vorliebe bezeigten. Zweifellos bereitete der Himmel den Weg für den vor, dem Er dann Seine bedeutendsten Botschaften anvertrauen würde.
Unvergesslich war für sie der 14. September 1969, das Fest der Kreuzerhöhung. Es war bereits Nacht. Kurz zuvor waren sie bei einer Ekstase von Maria Luisa Vila zugegen, die sie mit tiefem Frieden erfüllte. Aber durch eine anwesende Person beunruhigte der Teufel Manuels Seele und erfüllte sie mit Zweifel. Clemente und er gingen zur Landstraße hinunter. Eine beängstigende Verwirrung, die sein Gemüt bedrückte, veranlasste ihn auszurufen: „Ich komme nicht mehr nach Palmar, solange die Muttergottes mich nicht ruft!“ Clemente begann zu weinen. Plötzlich erscheint am Horizont ein sehr helles Licht, das langsam vorrückt, bis es sich über dem Lentisco niederlässt und auf einem von leuchtenden Blumen gebildeten Sockel ein großes wunderbar strahlendes Kreuz bildet. Die Rührung war unbeschreiblich. Clemente und er liefen eilig auf den Lentisco zu. Aber auf halbem Wege verschwand die wunderbare Vision. Sie fragten drei Personen, die dort beteten, ob sie etwas gesehen hätten. Doch sie blickten sie erstaunt an und verneinten. Dort befand sich auch der Seher Josef (Cayetano) und er bestätigte ihnen ihre Vision. Kurz darauf geriet er in eine wunderbare Ekstase.
Sie suchten Palmar weiterhin häufig auf. Am 30. September 1969 war es, als Clemente die erste Vision hatte. Es waren eineinhalb Jahre seit der ersten Erscheinung in Palmar vergangen. Am Lentisco beteten zahlreiche Personen, unter denen sich die Seherin Rosario Arenillas befand. Es war bei Einbruch der Dunkelheit. Plötzlich merkten sie, wie Clemente seufzte, und er sagte ihnen, dass er zwei menschliche Gestalten sehe, eine große und eine kleinere, die vom oberen Teil des Landguts her langsam auf den Lentisco zukamen. Die beiden Gestalten waren dunkel und der Seher konnte ihre Gesichtszüge nicht erkennen. Sie blieben einige Meter oberhalb des Lentisco stehen. Während Clemente sie sah, war er sich des Ortes und der Personen, die ihn umgaben, bewusst. An ihrem ein wenig unklaren körperlichen Erscheinungsbild erkannte er, dass es sich um den Herrn und Vater Pio handelte. Als die Vision vorüber war, bestätigte ihm die Seherin Rosario Arenillas, die auch Augenzeugin der Erscheinung war, dass es der Herr und Vater Pio waren. Wenige Tage später hatte er zusammen mit der Seherin Maria Luisa Vila die gleiche Vision und unter den gleichen Umständen.
Seitdem hatte Clemente häufig Visionen. Er sah auch die Heiligste Jungfrau, den heiligen Josef und andere Heilige, aber auf die gleiche Weise wie die ersten zwei: dunkel und ohne ihre Gesichtszüge erkennen zu können. Der 8. Dezember 1969, das Fest der Unbefleckten Empfängnis, war ein denkwürdiger Tag für Clemente. Morgens fuhren sie nach Palmar, um den ganzen Tag dort zu bleiben. Es versammelten sich zahlreiche Personen. Am Vormittag geriet Clemente in Ekstase, da er die Unbefleckte Jungfrau sah. Einige Minuten später erschien der Herr als Christkönig. Es war das erste Mal, dass der Seher den Herrn und die Heiligste Jungfrau deutlich sah, indem er an Ihrer Gestalt und in Ihrem Gesicht alle Details genau unterscheiden konnte. Clemente fiel verzückt zu Boden, wobei er das Empfindungsvermögen gänzlich verlor. Von diesem Tag an waren alle Visionen des Clemente völlig klar. Abends, als es bereits dunkel war, gönnte ihm der Himmel weitere wunderbare Visionen. Zuerst erschien die Heiligste Jungfrau von Engeln umgeben, die den Habit des Ordens des heiligen Dominikus mitbrachten. Kurz darauf erschien der Herr und danach ein Heiliger. Der Herr zeigte dem Seher an, dass es sich um den heiligen Dominikus handelte. Dieser heilige Gründer des Dominikanerordens kündigte Clemente die Anwesenheit des heiligen Josef an, der auch erschien. Der Seher hörte zum ersten Mal die Stimme des Herrn, der Heiligsten Jungfrau und der beiden Heiligen. Aber die Vision wurde immer beeindruckender. Clemente empfing aus den Händen der Heiligsten Jungfrau den Dominikanerhabit, den die Engel mitbrachten und ihm anlegten. Kurz darauf empfing er auch den heiligen priesterlichen Ornat und er rezitierte in Latein die Teile der Messe, die der heilige Josef ihm vorsagte, mit Ausnahme der Wandlung. All dies geschah auf mystische Weise, denn der Seher sah sich in der Vision so bekleidet. Diejenigen, die den Seher umgaben, sahen nur seine Bewegungen und hörten seine Stimme. Es war eine unbeschreiblich schöne und rührende Ekstase.
Die erste Botschaft empfing Clemente am 10. Dezember 1969 vom heiligen Dominikus, der das Beten des heiligen Vaterunserrosenkranzes empfahl. Aber an diesem Tag geschah etwas sehr Bezeichnendes. Als sie nach Palmar kamen, war das Eingangstor zum Landgut verschlossen. Dieses Tor befand sich beim großen Kreuz an der Mauer und war der ursprüngliche Eingang. Sie beteten in der Nähe der Stelle, an der später die Statue der Göttlichen Hirtin inthronisiert wurde. Clemente geriet in Ekstase. Er sah, wie der heilige Josef vom Lentisco aus zur Mauer ging und sich so in ihrer Nähe befand. Es erschienen auch der Herr und der heilige Dominikus. Als die Ekstase beendet war, konnten sie betrachten, dass ein neues Eingangstor aufgegangen war, nämlich das jetzige. Sie kamen nicht aus dem Staunen heraus, denn niemand hatte etwas gehört. Nur der heilige Antonius Vota erzählte ihnen, dass er während Clementes Ekstase mit den Händen die Mauer berührt habe und diese nicht standgehalten habe. Das war seltsam, denn die Mauer hatte genug Widerstandskraft und konnte nicht so leicht einfallen. Clemente zeigte ihnen an, dass sich der heilige Josef beim Tor auf die Mauer gestellt hatte. Sie alle begriffen, dass dieser Heilige das Tor geöffnet hatte, doch sie wagten es nicht einzutreten. Schließlich betraten sie etwas furchtsam das Landgut und als sie einige Meter gegangen waren, sah Clemente den heiligen Josef, der ihnen vom Tor aus mit seinem Stab anzeigte, dass sie zum Lentisco hinaufgehen sollten.
Am 12. Dezember 1969 hatte Clemente eine Vision vom heiligen Dominikus, der zu ihm sagte: „Betrachte nun zu meiner Rechten das Göttliche Antlitz Unseres Herrn Jesus Christus. Siehe, mein Sohn, das Antlitz dessen, der für deine Sünden und die Sünden der ganzen Welt alles gab, ja sogar das Leben.“ Das Heilige Antlitz erschien schmerzerfüllt und blutend. Der heilige Dominikus gab ihm dann die bedeutenden Botschaften in Bezug auf das Heilige Antlitz: die Ausdehnung der Anbetung des Heiligen Antlitzes auf die ganze Welt, den heiligen Kreuzweg und die Sühnekommunion an den ersten Donnerstagen, wodurch die dem Göttlichen Antlitz des Herrn zugefügten Beleidigungen gesühnt werden sollen.
Bis das Heilige Antlitz am Lentisco aufgestellt wurde, nahm man ein Bild vom Antlitz des Herrn mit und betete davor. Das Heilige Antlitz wurde am 2. Februar 1970 am Lentisco aufgestellt, wie es Clemente vom Himmel angeordnet wurde. Die Statue der Göttlichen Hirtin wurde am 1. bzw. 2. März 1972 aufgestellt und gesegnet. Die Statue Unserer Mutter von Palmar wurde am 12. September 1972 am Lentisco aufgestellt.
Bei seiner Berufsarbeit in der Institution vom heiligen Johannes von Gott verlor er sein Ansehen, weil er den Erscheinungen in El Palmar de Troya zugetan war und die Religiosos der Meinung waren, dass seine Arbeit in dieser Institution mit den Erscheinungen, an die er fest glaubte, unvereinbar sei. Er vernachlässigte nie seine beruflichen Pflichten und der einzige Grund für diese Unvereinbarkeit war, dass die Erscheinungen in Palmar, nachdem sie vom abgefallenen Kardinal Bueno Monreal von Sevilla verurteilt worden waren, die Institution vom heiligen Johannes von Gott in Schwierigkeiten hätte verwickeln können. Doch sowohl der feige und ungerechte Obere dieser Religiosos als auch die anderen Religiosos wussten, dass er ehrenhaft, sachverständig und hinsichtlich des katholischen Glaubens rechtschaffen war, und außerdem wurde durch die Erscheinungen gelehrt, wie wahre Christen leben sollen. Aber ihre Furcht und Feigheit veranlasste sie, an ihrem eigenen Gewissen Verrat zu begehen, ungerecht zu handeln und ihn zu entlassen, denn sie fürchteten das Gerede der anderen.
Manuel Alonso war der maßgebliche Verbreiter der palmarianischen Botschaften, die Clemente Domínguez gegeben wurden, und begleitete diesen auf vielen seiner apostolischen Reisen durch die ganze Welt. Beide verloren ungerechterweise ihren Arbeitsplatz, weil sie sich tapfer für das Palmarwerk einsetzten. Gott ließ dies zu, damit sie sich so von da an ganz dem Apostolat widmen konnten. In verschiedenen himmlischen Botschaften bekundeten der Herr, die Heiligste Jungfrau und andere Heilige Ihre Liebe für Manuel, indem Sie über den Seher Worte der Dankbarkeit und des Lobes an ihn richteten. Obwohl er kein Seher war, hatte er als Laie und als Bischof bei bestimmten Anlässen persönliche Charismen, wodurch er bezüglich der Echtheit von Palmar noch mehr gefestigt wurde.
Das göttliche Werk in El Palmar de Troya wurde von der progressistischen und zerstörerischen Hierarchie der Römischen Kirche schrecklich bekämpft. Sie wurde damals vom glorreichen heiligen Papst Paul VI., dem Märtyrer im Vatikan, regiert, der von den Erscheinungen und Botschaften in Palmar Kenntnis hatte, denn der Seher selbst übergab dem Papst die Botschaften. Der heilige Paul VI. verurteilte niemals das Werk in El Palmar de Troya. Clemente Domínguez und Manuel Alonso mussten sehr tatkräftig und beharrlich für die Erscheinungen in Palmar eintreten. Trotz der vielen Hindernisse gründete Clemente Domínguez y Gómez am 23. Dezember 1975 auf Anordnung Unseres Herrn Jesus Christus den geistlichen Orden der „Karmeliter vom Heiligen Antlitz in Gesellschaft Jesu und Mariens“ und Manuel Alonso Corral ist der Mitgründer. Am 1. Januar 1976 wurden Clemente Domínguez und Manuel Alonso auf Ersuchen der Heiligsten Jungfrau Maria vom heiligen Erzbischof Peter Martin Ngô-dinh Thuc, der einige Tage zuvor aus Rom gekommen war, zu Priestern geweiht. Am 11. Januar 1976 wurden beide zu Bischöfen geweiht.
Am 29. Mai 1976 verlor der Bischof Vater Clemente bei einem von Satan verursachten Autounfall beide Augen. Mehrere Monate später erhielt der Bischof Vater Clemente auf Anordnung des Himmels den Namen Vater Ferdinand und der Bischof Vater Manuel Alonso den Namen Vater Isidor. Der Karmeliterorden vom Heiligen Antlitz wurde größer und es wurde ein zahlreiches Bischofskollegium gebildet.
Nachdem der heilige Papst Paul VI. am 6. August 1978 gestorben war, wurde der Bischof Vater Ferdinand, mit bürgerlichem Namen Clemente Domínguez y Gómez, in der Stadt Santa Fe de Bogotá, der Hauptstadt Kolumbiens, direkt von Unserem Herrn Jesus Christus erwählt, eingesetzt und gekrönt. Drei Tage später verlegte der neue Papst mit dem Namen Gregor XVII., de Glória Olívæ, die Sede der Kirche von Rom nach El Palmar de Troya, Sevilla, Spanien. So begann die Geschichte des Papsttums in El Palmar de Troya, wodurch die Aufgabe erfüllt wird, die echte Lehre und Disziplin in der Kirche Christi durch tiefgründige Reformen und dogmatische Lehren wiederherzustellen und zu erhalten. Zu diesem Zweck berief der heilige Papst Gregor XVII., der Größte, das Heilige, Große und Dogmatische Palmarianische Konzil und die Heilige Dogmatische Palmarianische Synode ein. Bei diesen Versammlungen vermittelte der damalige hochwürdigste Vater Isidor Maria, der Staatssekretär, als maßgeblicher Mitarbeiter. Das Werk der großen Reform erreichte seinen Höhepunkt mit der Ausarbeitung und Publikation der Heiligen Palmarianischen Bibel.
Der hochwürdigste Vater Isidor Maria reiste auf Geheiß des heiligen Papstes Gregor XVII., des Größten, durch verschiedene Teile der Welt, indem er die palmarianisch-katholische Lehre predigte und erklärte. Am 24. Oktober des Jahres 2000 verfasste und unterzeichnete der heilige Papst Gregor XVII., der Größte, ein apostolisches Dekret, womit er seinen Staatssekretär, den Bischof Vater Isidor Maria, zu seinem Nachfolger auf der Cathedra Petri ernannte. Unmittelbar nachdem der heilige Papst Gregor XVII. am 21. März 2005 in El Palmar de Troya gestorben war, begann der neue Papst sein Pontifikat mit dem Namen Peter II., de Cruce Apocalýptica. Am 24. März, dem Heiligen Donnerstag, fand in El Palmar de Troya in der Kathedralbasilika Unserer Gekrönten Mutter von Palmar seine offizielle Krönung statt, bei der alle Palmarbischöfe, die anderen Mitglieder unseres geistlichen Ordens und zahlreiche Gläubige des Dritten Ordens der Heiligen Palmarianischen Kirche anwesend waren. Am gleichen Tag, dem 24. März, kanonisierte der heilige Papst Peter II., der Große, seinen verehrten Vorgänger, Papst Gregor XVII., den Größten.
Das Papsttum des glorreichen Stellvertreters Christi Peter II. dauerte sechs Jahre, drei Monate und vierundzwanzig Tage. Es war ein Papsttum mit umfassenden Arbeiten zugunsten der Kirche, denn er verfasste und approbierte das große Werk der Palmarianischen Kirchengeschichte sowie das Palmarianische Heiligenbuch, die Kinderbibel sowie die Bibel — Grundstufe und Mittelstufe. Er hat auch die Botschaften von El Palmar de Troya überprüft und neu geordnet. Unter seinen Schriften kann man seine dreißig apostolischen Briefe hervorheben, die er an die Kirche richtete, um seine Herde, die er als vorzüglicher Hirte so sehr liebte, zu lehren, zurechtzuweisen und zu ermutigen. Er erklärte die Jahre 2008, 2010 und 2011 zum Heiligen Jahr. Am 21. März 2008 weihte er die Streitende Kirche, die Welt und das ganze Universum dem Ewigen Vater. Ebenfalls weihte er am 30. März 2010 die Kirche, Spanien, die Welt und das ganze Universum dem Heiligen Antlitz Unseres Herrn Jesus Christus. Er aktualisierte, überprüfte und verbesserte auch verschiedene lehramtliche Schriften. Zahlreiche bewundernswerte Glieder des Mystischen Leibes Christi erhob er zur Würde der Ehre der Altäre und erklärte viele zu Kirchenlehrern. Am 23. Juli 2006 erklärte er auch unfehlbar, dass er väterlicherseits vom heiligen Ferdinand III., König von Kastilien und León, und seiner ersten Gemahlin, der heiligen Beatrix von Schwaben, abstammt; und mütterlicherseits vom heiligen Alfons Sánchez de Cepeda und seiner zweiten Gemahlin, der heiligen Beatrix de Ahumada, Eltern der berühmten Reformerin des Karmels, der heiligen Theresia von Jesus. Auch andere lehramtliche Themen definierte er dogmatisch.
Als Papst hatte er großes Interesse daran, in verschiedenen Städten und Ländern heilige Messen zu zelebrieren. Dort wollte er seine heiligen Füße aufsetzen und so das Wort Gottes aufsprießen lassen, wie der erste Papst, der heilige Peter I., der Größte. Er handelte also nach diesem sehnsüchtigen Verlangen und ist der erste Papst, von dem man weiß, dass er in Russland die heilige Messe zelebriert hat. Am 27. und 28. Mai 2008 war er nämlich in Sankt Petersburg und zelebrierte Messen, und in Moskau am 29., 30. und 31. Mai 2008. In Moskau weihte er Russland dem Heiligen Antlitz, Unserer Gekrönten Mutter von Palmar und dem Gekrönten Heiligsten Josef von Palmar, um vom Ewigen Vater die baldige Bekehrung des russischen Volkes zu erflehen.
Zu Beginn des Jahres 2009 begann sich seine Gesundheit alarmierend zu verschlechtern, und zwar aufgrund von Problemen mit den Nieren, mit denen er schon seit längerer Zeit zu tun hatte. Er musste sich mehreren Operationen unterziehen. Bei einer, die fünf Stunden dauerte, stellte man fest, dass er Harnleiterkrebs hatte, weshalb man beschloss diesen Harnleiter und die rechte Niere zu entfernen, denn sie funktionierte nicht, da sie geschrumpft war. Die Probleme verschlimmerten sich immer mehr, denn es wurde ein bösartiger Tumor entdeckt, und so vielen Untersuchungen und Behandlungen er sich auch unterzog, breitete sich der Krebs weiter aus. Da er den Wunsch hatte, gesund zu werden, wenn es der Wille Gottes sei, um der Kirche dienen und für sie arbeiten zu können, litt er unaussprechlich, denn er war sich stets bewusst, wie ernst sein Zustand war, und benötigte immer mehr Hilfe. Jeden Tag ging es ihm ein wenig schlechter. Diese Krankheit zehrte all seine Kraft auf. Die Ärzte, die ihn behandelten, wussten nicht mehr, was sie sagen sollten, weil sein Körper so viel aushielt. Sie konnten sich nicht erklären, wie er noch leben konnte.
Bevor der heilige Papst Peter II., der Große, eine Reise in ein anderes Land antrat, um sich einer ärztlichen Behandlung zu unterziehen, ernannte er am 6. Juli 2010 in dem Raum, wo die Liste verlesen wird, vor der ganzen Gemeinschaft der Frailes, die anwesend waren, mündlich den hochwürdigsten Vater Sergio Maria vom Heiligen Antlitz und vom Unbefleckten Herzen Mariens zu seinem Nachfolger, damit nach seinem Tod der hochwürdigste Vater Sergio Maria als Stellvertreter Christi die Cathedra Petri besetze, und er ernannte ihn auch zu seinem Nachfolger als Generaloberer des Karmeliterordens vom Heiligen Antlitz.
Am 3. März des Jahres 2011, nämlich vier Tage bevor er in eine Klinik in Sevilla eingeliefert wurde, da sich sein Zustand immer mehr verschlimmerte, ernannte der heilige Papst Peter II., der Große, anhand eines schriftlichen heiligen Dekrets, das der ganzen Gemeinschaft der Frailes vorgelesen wurde, den hochwürdigsten Vater Sergio Maria zu seinem Nachfolger im Papsttum, damit nach seinem Tod der hochwürdigste Vater Sergio Maria als Stellvertreter Christi und Generaloberer des Karmeliterordens vom Heiligen Antlitz die Cathedra Petri besetze.
Er musste von der Heiligen Woche 2011 bis zu seinem Todestag unzählige Medikamente einnehmen und viele Behandlungen über sich ergehen lassen. Es war ein unermesslicher Schmerz zu sehen, wie der Allgemeine Vater der Kirche dahinsiechte, kaum mehr sprechen konnte, das Lächeln und der Blick erstarrte und der Atem stockte. In den letzten Tagen seines Lebens konnte er kaum Nahrung und Flüssigkeit aufnehmen. Alles, was man zu diesem Zweck für ihn tat, war fast vergeblich.
Während seiner Krankheit gab es ein Auf und Ab, weshalb man ständig dachte, dass seine letzte Stunde gekommen sei. Er hatte mehrmals kundgetan, dass er meine, sein Todestag würde ein fünfzehnter des Monats sein, weil er der heiligen Theresia so sehr zugetan war und das Fest der heiligen Reformerin auch an einem fünfzehnten war. Als sich der 29. Juni, das Fest des heiligen Peter I., des Größten, näherte, dachte man, dass er diesen Tag kaum erreichen würde.
Tage später setzten alarmierende Atembeschwerden ein und bevor die Gemeinschaft der Frailes am Vortag des Festes am 16. Juli zum Abendgottesdienst ging, gingen allen Frailes an ins päpstliche Zimmer, um sich vom Heiligen Vater zu verabschieden und ihm den Segen zu geben, denn sein Zustand war äußerst ernst. Dies war ein Wunsch des Heiligen Vaters, der erfüllt wurde, denn er wünschte immer, sich vor dem Sterben von allen zu verabschieden, wenn er auch bewusstlos sei. Einige Stunden später verschied er in der päpstlichen Residenz im Kloster der Karmeliter vom Heiligen Antlitz am heiligen Ort in El Palmar de Troya, und zwar um 20.07 Uhr am 15. Juli 2011, dem Vorabend des Festes am 16. Juli, als die tägliche eucharistische Prozession fast zu Ende war und man in der Kathedralbasilika das Salve Regína sang, während am Hochaltar die letzte Beräucherung vollzogen wurde. Sobald er mit den päpstlichen Gewändern und dem weißen Pontifikalornat bekleidet war, wurde er in das Presbyterium vor dem Hochaltar in der Kathedralbasilika Unserer Gekrönten Mutter von Palmar gebracht, wo ihm die Frailes, Nonnen und Palmargläubigen, die zum Pilgerfest am 16. Juli gekommen waren, schlüssige Beweise kindlicher Liebe erbrachten. Während der ganzen Nacht und am nächsten Tag gab es Turnusse heiliger Messen, wobei die an den Pilgertagen üblichen Gebete verrichtet wurden.
Am 16. Juli 2011, um 12 Uhr mittags, erklärte ihn der Höchste Pontifex Gregor XVIII. zum ehrwürdigen Diener Gottes.
Der heilige Papst Peter II., der Große, wurde am 17. Juli des Jahres 2011 kanonisiert. Bei der Kanonisation wurde er zum „Großen Papst“ erklärt und zum „Beschützer und Verteidiger der Heiligen Christlichen Palmarianischen Kirche“ ernannt.
Er wurde am 26. Juli des Jahres 2011, dem Fest zu Ehren der heiligen Anna, Mutter der Heiligsten Jungfrau Maria, zum großen Kirchenlehrer erklärt.